กรมทรัพยากรน้ำบาดาลได้เข้าร่วมการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2563 โดยใช้แนวทางและเครื่องมือการประเมินตามที่สำนักงาน ป.ป.ช. กำหนด ซึ่งสำนักงาน ป.ป.ช. ได้ประกาศผลการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2563 เป็นที่เรียบร้อยแล้ว เมื่อวันที่ 28 กันยายน 2563
ผลการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2563 ของกรมทรัพยากรน้ำบาดาล ในภาพรวมได้คะแนน 91.09 คะแนน ระดับผลการประเมินอยู่ในระดับ A อยู่ในอันดับที่ 25 ของจำนวน 146 หน่วยงานระดับกรมหรือเทียบเท่าที่เข้ารับการประเมินทั่วประเทศ และมีผลคะแนนอันดับที่ 1 ของหน่วยงานในสังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม