รัฐบาลได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติน้ำบาดาล เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม พ.ศ. 2520 เพื่อใช้ควบคุมการเจาะน้ำบาดาล การใช้น้ำบาดาล และการระบายน้ำลงสู่บ่อน้ำบาดาล เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดความขาดแคลนเสียหายหรือเกิดการปนเปื้อนของมลพิษในน้ำบาดาล และใช้เวลาอีก 1 ปี ในการยกร่างกฎกระทรวงและประกาศกระทรวงต่างๆ และเริ่มบังคับใช้ในปี พ.ศ. 2521 ในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล ต่อมาในปี พ.ศ.2537 จึงประกาศใช้ทั่วประเทศ (พระราชบัญญัติน้ำบาดาล พ.ศ. 2520 ได้ถูกแก้ไขเพิ่มเติมในสาระสำคัญเมื่อปี พ.ศ. 2535)
เนื่องจากการพัฒนาแหล่งน้ำบาดาลแก้ไขปัญหาความแห้งแล้งขาดแคลนน้ำเพื่อการอุปโภคบริโภคมีปริมาณเพิ่มขึ้นกว่าเดิม ความจำเป็นที่จะหาแหล่งน้ำบาดาลมาใช้ทดแทนมีมากขึ้น ประกอบกับกองน้ำบาดาล (กรมทรัพยากรน้ำบาดาลเดิม สังกัดกรมทรัพยากรธรณี) มีโครงการเร่งด่วนเป็นจำนวนมากที่จะต้องศึกษา พัฒนาแหล่งน้ำบาดาลทั้งในเชิงปริมาณและคุณภาพ เพื่อเป็นข้อมูลในการวางแผนบริหารจัดการและพัฒนาแหล่งน้ำบาดาล ตลอดจนควบคุมการใช้น้ำบาดาลให้อยู่ในภาวะสมดุลตามธรรมชาติ เพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้เกิดวิกฤตการณ์น้ำบาดาลขึ้น แต่หน่วยงานส่วนภูมิภาคที่ควบคุมรับผิดชอบทั่วทั้งประเทศมีเพียง 2 แห่งเท่านั้น คือ
1. เขตพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มีศูนย์กลางที่ทำการอยู่ที่ฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 1 อำเภอเมือง จังหวัดนครราชสีมา
2. เขตพื้นที่ภาคเหนือ ภาคกลาง ภาคใต้ ภาคตะวันออก และภาคตะวันตก มีศูนย์กลางที่ทำการอยู่ที่ ฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 2 อำเภอหนองแค จังหวัดสระบุรี
พื้นที่รับผิดชอบของทั้ง 2 ฝ่าย กว้างขวางครอบคลุมหลายจังหวัด และอยู่ห่างไกลจากศูนย์กลางของที่ทำการมาก หากมีปัญหาอุปสรรคต่างๆ ก็ไม่อาจกระทำได้อย่างรวดเร็ว อีกทั้งสภาพอุทกธรณีวิทยาแหล่งน้ำบาดาลของแต่ละภาคมีความแตกต่างกัน ทำให้เกิดปัญหาการพัฒนาการควบคุมกำกับดูแลการปฏิบัติงานไม่คล่องตัวเท่าที่ควร เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปอย่างรวดเร็วในการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนน้ำอุปโภคบริโภคตามนโยบายของรัฐบาล
กองน้ำบาดาล จึงมีนโยบายแบ่งพื้นที่รับผิดชอบการสำรวจและพัฒนาน้ำบาดาลออกเป็น 6 ส่วน ตามภูมิภาคต่างๆ เพื่อเป็นการกระจายอำนาจ และทำให้เกิดความคล่องตัวในการปฏิบัติงาน รวมทั้งเป็นศูนย์กลางให้ความช่วยเหลือหน่วยงานอื่นทั้งภาครัฐและเอกชน ทั้งทางด้านวิชาการน้ำบาดาล ทางเทคนิคการพัฒนาน้ำบาดาล การปรับปรุงคุณภาพน้ำบาดาล การบริการข้อมูลแหล่งน้ำบาดาล และการควบคุมการใช้น้ำบาดาล โดยจัดตั้งเป็นสำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล ดังนี้
1. สำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 1 จังหวัดนครราชสีมา มีเขตปฏิบัติการในพื้นที่อีสานใต้ ประกอบด้วย 8 จังหวัด คือ จังหวัดนครราชสีมา ชัยภูมิ บุรีรัมย์ ร้อยเอ็ด ยโสธร ศรีษะเกษ สุรินทร์ และอุบลราชธานี
2. สำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 2 จังหวัดสระบุรี มีเขตปฏิบัติการในพื้นที่ภาคกลางและภาคตะวันออก 13 จังหวัด คือ จังหวัดสระบุรี กำแพงเพชร นครสวรรค์ พิจิตร เพชรบูรณ์ ลพบุรี นครนายก ปราจีนบุรี ฉะเชิงเทรา ชลบุรี ระยอง จันทบุรี และตราด
3. สำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 3 จังหวัดขอนแก่น มีเขตปฏิบัติการในพื้นที่อีสานเหนือ 9 จังหวัด คือ จังหวัดขอนแก่น กาฬสินธุ์ นครพนม มุกดาหาร มหาสารคาม เลย สกลนคร หนองคาย และอุดรธานี
4. สำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 4 จังหวัดสุพรรณบุรี มีเขตปฏิบัติการในพื้นที่ภาคตะวันตกและภาคกลางบางส่วน 17 จังหวัด คือ จังหวัดสุพรรณบุรี อุทัยธานี ชัยนาท สิงห์บุรี อ่างทอง พระนครศรีอยุธยา ปทุมธานี นนทบุรี กรุงเทพมหานคร สมุทรปราการ สมุทรสาคร สมุทรสงคราม นครปฐม กาญจนบุรี ราชบุรี เพชรบุรี และประจวบคีรีขันธ์
5. สำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 5 จังหวัดตรัง มีเขตปฏิบัติการในพื้นที่ภาคใต้ 14 จังหวัด คือ จังหวัดตรัง กระบี่ ชุมพร นครศรีธรรมราช นราธิวาส ปัตตานี พังงา พัทลุง ภูเก็ต ยะลา ระนอง สงขลา สตูล และสุราษฎร์ธานี
6. สำนักงานฝ่ายพัฒนาน้ำบาดาล 6 จังหวัดลำปาง มีเขตปฏิบัติการในพื้นที่ภาคเหนือ 12 จังหวัด คือ จังหวัดลำปาง แม่ฮ่องสอน เชียงราย เชียงใหม่ ตาก น่าน พิษณุโลก พะเยา แพร่ ลำพูน สุโขทัย และอุตรดิตถ์
ปี พ.ศ. 2545 ได้มีการปฏิรูประบบราชการ มีการปรับปรุง ปรับเปลี่ยนกระทรวง ทบวง กรม กองน้ำบาดาลจากเดิมที่เคยสังกัดกรมทรัพยากรธรณี ได้ปรับเปลี่ยนเป็นกรมทรัพยากรน้ำบาดาล และมีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างภายใน ในหลายๆ ส่วนงาน ร่วมถึงสำนักงานฝ่ายทรัพยากรน้ำบาดาลด้วย
สำนักงานฝ่ายทรัพยากรน้ำบาดาลภาค 5 จึงจัดตั้งเป็น ศูนย์ทรัพยากรน้ำบาดาลภาค 5 สังกัดกรมทรัพยากรน้ำบาดาล กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
ต่อมาในปี พ.ศ. 2551 ได้มีการแบ่งส่วนราชการของกรมทรัพยากรน้ำบาดาล ตามกฎกระทรวงและได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2551 ให้เปลี่ยนจากศูนย์ทรัพยากรน้ำบาดาลภาค 5 เป็น.. สำนักทรัพยากรน้ำบาดาลเขต 6 ตรัง จนถึงปัจจุบัน
นายกมลศักดิ์ | บัวอ่อน | 28 | กันยายน | 2537 | - | 11 | พฤษภาคม | 2540 |
นายทนง | ตันชวลิต | 25 | มีนาคม | 2540 | - | 15 | ตุลาคม | 2546 |
นายพนม | เมืองพรหม | 15 | ตุลาคม | 2546 | - | 24 | ตุลาคม | 2551 |
นายพันธ์ศักดิ์ | ธีรปัญญาภรณ์ | 24 | ตุลาคม | 2551 | - | 30 | ธันวาคม | 2552 |
นายมนัส | ลัคนาวงศ์ | 26 | มกราคม | 2553 | - | 30 | กันยายน | 2553 |
นายสุนทร | ปัญจาสุธารส | 15 | ตุลาคม | 2553 | - | 28 | มีนาคม | 2554 |
นายศักดิ์ฉลาด | ศรีวิชา | 11 | เมษายน | 2554 | - | 29 | ตุลาคม | 2556 |
นายทนงศักดิ์ | ล้อชูสกุล | 1 | พฤศจิกายน | 2556 | - | 12 | กุมภาพันธ์ | 2559 |
นายกุศล | โชติรัตน์ | 15 | กุมภาพันธ์ | 2559 | - | 31 | มกราคม | 2560 |
นายวินัย | สามารถ | 16 | มกราคม | 2560 | - | 30 | กันยายน | 2562 |
นายมณเฑียร | จงจินากูล | 2 | ธันวาคม | 2562 | - | ปัจจุบัน |