(1) ควบคุมการใช้ทรัพยากรน้ำบาดาลให้เป็นไปตามแผนการใช้ทรัพยากรน้ำบาดาลแห่งชาติ และแผนการจัดสรรทรัพยากรน้ำบาดาลอย่างยั่งยืน
(2) กำกับ ดูแล การประกอบกิจการน้ำบาดาล ตามกฎหมายว่าด้วยน้ำบาดาล
(3) ฝึกอบรมผู้ควบคุม รับผิดชอบการเจาะน้ำบาดาลและการอุดกลบบ่อน้ำบาดาล
(4) ปฏิบัติภารกิจในการจัดให้มีการจดทะเบียนช่างเจาะน้ำบาดาลและผู้รับเหมาเจาะน้ำบาดาล รวมทั้งดำเนินการเพื่อออกหนังสือรับรองให้วิศวกรและนักธรณีวิทยา
(5) บริหารจัดการกองทุนน้ำบาดาล รวมทั้งบริหารโครงการต่างๆ ในกองทุนน้ำบาดาล
(6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย